В сентябре 1904 года Дворянский отряд прибыл в Маньчжурию, и 28 сентября развернутый им госпиталь принял первых раненых в ходе сражения на реке Шахэ.
Во время Русско-японской войны Вера Игнатьевна разработала технику ряда полостных операций, впервые в мире применив подобные методы лечения на театре боевых действий. Она также высказала мнение, что любое проникающее ранение должно подлежать оперативному лечению. Данные идеи явилось серьёзным новаторством не только в отечественной, но и мировой науке, что способствовало в дальнейшем изменению взглядов на стандарты оказания медицинской помощи при ранении в живот. Вера Игнатьевна развила учение Н. П. Пирогова об «эвакуации по этапам» и разделении потоков раненых, дополнив его положением о том, что чем ближе госпиталь находится к месту боя, тем продуктивнее его деятельность.
В. И. Гедройц была награждена золотой медалью «За усердие» на Анненской ленте, а после боев у Мукдена — серебряной медалью «За храбрость» на Георгиевской ленте, врученную лично генералом Н. П. Линевичем. Императрица Александра Федоровна, курировавшая работу Красного Креста, отметила заслуги Веры Игнатьевны тремя знаками отличия, в том числе — серебряной шейной медалью на Владимирской ленте, а объединенное Всероссийское дворянство — именным жетоном.